مجلس الأمناء هو الجهة المنوطة بوضع الخطط ورسم السياسات وتحديد الأولويات الاستراتيجية للتحالف. يتكوّن المجلس من 25 عضواً: 21 منتخباً من الجمعية العامة، و4 معيّنين بقرار من السيد رئيس الجمهورية رقم 186 لسنة 2024. يجمع المجلس بين القيادات التنفيذية لكبريات مؤسسات العمل الأهلي بمصر، وبين شخصيات وطنية ذات خبرة في العمل المجتمعي.